1.与相邻器官疾病表现雷同。如急性前列腺炎和急性肾盂肾炎的临床症状大体相似，都表现有全身的感染中毒症状如高热、寒战，以及腰痛、尿频、尿急、尿痛等症状；均有血中白细胞总数明显升高，尿中白细胞增多等。临床上很难区别，容易将这两个病混为一谈。
2.症状不明显容易被忽视。临床症状轻微或症状一开始未经诊断使用了抗菌素，忽略了必要的检查，而发生误诊。
3.拖延就诊。从患者方面来说，因本病常先出现泌尿、生殖系统的表现，有些人可能有不洁性生活史，往往碍于面子不能及时就诊。