1.临床表现不典型。军团菌肺炎只是一种特殊类型细菌所引起的肺炎，它具有细菌性肺炎的共性，只是其治疗明显不同于其他细菌性肺炎，所以，才强调对其病原菌的诊断。即使很有经验的医师，也很难单凭临床表现来判明诊断。军团菌肺炎所有的表现在其他类型的肺炎中都可以见到，再者因个体差异较大，感染轻重不一，加之老年人免疫功能低下，所患肺炎本来就不典型，使得早期诊断非常困难，经常是在按其他一般细菌所致肺炎治疗效果不好时才想到本病。而随着抗生素的广泛应用，其他细菌的耐药性也在不断增加，以疗效判断细菌类型亦有一定的难度。

2.肺炎最初的治疗均是经验治疗，由于基层临床医师对此认识不足，对此类新型病种的知识面窄，对病原菌最新流行动态又缺乏了解，在诊断中有一定困难。

99年夏季，厦门市某医院收治了一位发热、胸痛1个多月、在外院输了10天青霉素丝毫不见效的中年病人，入院时病人高热，听诊左下肺有细小的湿性罗音，血白细胞很高，X线胸片发现片状模糊阴影，初诊为一般细菌性肺炎，输注丁胺卡那霉素、头孢唑琳钠等仍无效。始考虑特殊病原体所致的肺部感染，经过测定军团菌抗体效价增高（≥1:160），才清楚此病人感染的是一种称做“军团杆菌”的细菌。确诊后及时更换了对军团杆菌敏感的红霉素，2天后病人体温就有所下降，咳嗽、胸痛逐渐好转，3周后肺部阴影完全吸收，痊愈出院。

3.由于本病的特点是起病急，发展快，病情凶险，肺外并发症较多且表现非常突出，掩盖了肺部的征象，有时病人可很快衰竭、休克，而肺部的表现却不甚明显，往往令医师过度集中于某些危及生命的征象，忽略原发病因的诊治。部分表现轻症的病人，也容易被医师忽视，被当成“感冒”、“气管炎”诊治，从而造成延误诊治。