本病由于病因不清，目前尚缺乏有效的预防措施，而且治疗效果也不能令人满意。但一般症状的克罗恩病患者在发病时，短期抗生素药物，中药主要是清热解毒、活血化瘀、健脾益气、补肾涩肠等治疗，避免酒精、茶、咖啡、冷食及调味品的食用。禁止食用及应用曾发生过敏反应的食物和药物。
应注意饮食卫生，及时防治肠道传染病，对本病的预防可能有一定的意义。同时还要提高自身的保健意识，当身体有不适时要到医院就诊，不要因为症状不重，自认为“肠炎”、“胃炎”等疾病在家中自行服药治疗。
一旦发生严重并发症如肠梗阻、出血、穿孔等及时手术治疗。