医院内获得性肺炎虽然有比较明显的肺部感染症状，但这些症状、体征常被其他基础疾病掩盖，这正是其容易漏诊的主要原因之一。理论上讲，一个住院时间超过了48小时的病人，出现了不好解释原因的发热或原发病治疗无效的发热，肺部重新出现了罗音，气管切开或插管后气管分泌增多；长期应用激素或化疗、有呛咳或误吸史，住院时间长而基础病严重者，出现发热及呼吸道感染症状时，应警惕医院内获得性肺炎的可能，及时摄X线胸片，行痰菌及血象的检查，即可确诊。

但本病的临床表现多不典型，呼吸道症状常不明显；感染的全身反应如发热、血象升高在原发病亦可出现而易被忽略；因应用激素、接受化疗等掩盖了医院内获得性肺炎的全身反应而被错误判断等因素，故临床上难免发生漏。

关于医院内获得性肺炎的预后，死亡率因各医院的条件、各基础疾病及病人个体的差异不同而有较大的差别，应强调的是老年组的死亡率高于非老年组，且老年病人易发生感染性休克或呼吸功能衰竭，常不易纠正而直接导致死亡，故医院内获得性肺炎的预后是严峻的，近年来已引起国内外学者及医院管理人员的高度重视。