1.慢性盆腔炎。慢性盆腔炎一般有感染史，伴发热，下腹痛呈持续性，不限于月经期，阴道分泌物增多，有时呈脓性；虽有痛经但不严重，且非进行性加重，有时可缓解；盆腔检查，组织虽增厚，但表面光滑不坚硬；抗感染治疗有效，性激素治疗无效。这些特点可与周期性腹痛的子宫内膜异位症区别。

2.盆腔结核。常见症状亦为下腹痛，但持续存在，行经时尤为明显；月经失调表现为月经稀少，经量减少，以致闭经。同时有全身症状，如发热、盗汗、无力、食欲不振或体重减轻等。妇科检查可无阳性体征发现；有时可触及两侧附件增厚，有触痛，偶可触及大小不等及形状不规则的肿块，质硬，表面不平呈结节或乳头状突起，必要时借助于子宫-输卵管碘油造影、腹腔镜、诊断性刮宫或经血培养等以明确诊断，抗结核药物试验性治疗亦有效，可与子宫内膜异位症鉴别。

3.卵巢恶性肿瘤。卵巢癌易误诊为卵巢子宫内膜异位症，所以临床判断一定要慎重，卵巢癌腹痛一般呈持续性，早期无明显症状，而子宫内膜异位症是周期性腹痛。卵巢癌的包块多为实质性，表面凹凸不平，伴腹水，如果对年龄较大的患者无法鉴别时可行剖腹探查。

4.子宫肌瘤。子宫肌瘤可见月经多、腹痛、子宫不均匀增大，但子宫内膜异位症痛经明显，并逐渐加重，子宫较均匀增大，有10%患者子宫肌瘤与子宫腺肌病同时存在，有时单凭症状无法确诊，只有手术切除子宫，病理检查方能最后确诊。

5.直肠癌。子宫内膜异位症侵犯直肠或乙状结肠，范围较广时往往局部出现硬块，造成部分梗阻，侵犯肠粘膜可引起出血。而直肠癌发病率远较子宫内膜异位症高，直肠癌患者体重明显减轻，肠出血频繁，与月经无关，无痛经。可行直肠指诊或结肠镜检取活检，必要时剖腹探查可确诊。有一位38岁女性患者，间歇性下腹胀痛伴血便1年余，每月1次，持续数天可自行缓解。曾于3年前因功能性子宫出血行子宫全切术。入院后直肠指诊发现距肛缘8厘米处有一个3厘米×3厘米的扁平隆起,质硬,结节状。直肠镜检查示：直肠表面粘膜轻度充血糜烂，活检报告为粘膜慢性炎症，临床诊断为直肠癌。剖腹探查见腹膜反折下方直肠前壁有一个约3厘米×3厘米扁平硬块，色灰白，与阴道后壁有粘连。切除硬块病理报告为直肠子宫内膜异位症。

6.附件炎。卵巢的子宫内膜异位症，往往误诊为附件炎症。两者都能在盆腔形成有压痛的固定包块。但子宫内膜异位症病人无急性感染病史，患者经多种抗感染治疗毫无效果；而附件炎有感染病史，时有发热，经抗感染治疗有效；子宫内膜异位症子宫直肠窝或主骶韧带往往可触及结节，有触痛，并多伴有痛经史。

   7.其他。肺癌、肾癌、脑溢血等均应进行鉴别，子宫内膜异位症的特点与月经有关，多为周期性发作，而其他疾病无此特点，只要详细询问病史，仔细进行体验，还是可以鉴别的。