1.卡他期：从发病到出现痉咳约1～2周，临床呈现感冒症状，如流涕、咳嗽、可有低热、咳嗽日渐加重，逐渐发展为痉挛性咳嗽。
2.痉咳期：①约2～4周或更久，阵发性痉挛性咳嗽，伴鸡鸣样吸气性吼声；②咳出粘稠液痰或呕吐胃内容物；③胸腔内压力上升致头颈静脉回流受阻，眼睑颜面浮肿，结膜下出血，面部瘀点，眼周皮下出血发紫；④咳嗽昼轻夜重，舌系带溃疡。
3.恢复期：约1～2周，阵咳发作次数减少，咳嗽减轻，逐渐痊愈。但受烟熏、冷空气等刺激或上感时可再次出现百日咳样阵咳。