根据病原微生物的特点，对一个可疑感染症患者可采用多种方法检测。常用的方法有：

细菌的一般结构

（1）直接涂片法。即在洁净的玻片上滴上一滴无菌生理盐水，将待检的标本涂抹其上，直接放置光学显微镜下进行镜检。如对肠道寄生虫虫卵的镜检；对阴道分泌物中阴道毛滴虫及酵母样菌的检查。

（2）直接染色法。①抗酸染色法：如对痰标本的抗酸杆菌检验。②革兰染色法：如对男性尿道口分泌物的淋球菌的检验。③墨汁染色法：对新型隐球菌的检验。

（3）培养法。①病毒培养法：如鸡胚法培养流感病毒、细胞培养法鉴定肠道病毒、动物接种法培养乙型脑炎病毒。②细菌培养法。如检测腹泻病人粪便中的病原菌。根据病原菌的不同又可分为厌氧法、需氧法、微嗜氧法。

（4）免疫学方法。根据抗原抗体反应的原理而设计出来的众多方法。目前临床实验室常用的方法有：①直接法。如布氏杆菌凝集试验；还有沉淀反应法。②带有标记物的方法。如酶联免疫法检测病人血清中的乙肝病毒五项指标；乳胶颗粒协同凝集试验检测风湿病人血清中的抗链“O”；荧光标记法检测流行性出血热病毒抗体；胶体金标记法检测艾滋病抗体。另外有放射性核素标记的方法，不过由于核素的放射性污染，现大都不采用该方法。

（5）分子生物学方法。包括聚合酶链反应，核酸杂交等。尤其聚合酶链反应方法，随着技术的日趋完善，临床上过去难以培养的病毒、细菌等病原微生物都可通过该方法得以确诊。