尿路感染常见的病原菌是大肠埃希菌（俗称大肠杆菌）、变形杆菌、肺炎克雷伯菌、肠杆菌、不动杆菌、假单胞菌、凝固酶阴性葡萄球菌和肠球菌。目前真菌特别是念珠菌引起的女性尿路感染也较常见。几乎所有的抗微生物药物都可用于尿路感染，绝大多数药物在肾组织及尿中浓度都很高。