脑脊液标本分离出来的病原微生物主要有：
（1）细菌。脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌b型（婴儿和儿童）、产单核细胞李斯特菌、结核杆菌、葡萄球菌、无乳链球菌、粪肠球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、绿脓杆菌、变形杆菌、沙门菌属、厌氧菌、不动杆菌、诺卡菌、新型隐球菌。
（2）病毒。（包括埃可病毒、柯萨奇病毒、流行性乙型脑炎病毒、流行性腮腺炎病毒、单核疱疹病毒、带状疱疹病毒、巨细胞病毒、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒、HIV等）。