HLA系统所显示的多基因性和多态性，意味着两个无亲缘关系的个体间的差异，在所有HLA基因座位上拥有完全相同等位基因的机会几乎等于零。再者，每个人所拥有的HLA等位基因型别一般终身不变，因而特定等位基因及以共显性形式表达的产物，可以成为个体性的一种遗传标志，由此HLA分型已在法医学上被广泛的用于亲子鉴定和确定死亡者的身份，同样，HLA与器官移植的成败以及与临床疾病的关系十分密切。