人类感染乙型肝炎病毒（HBV）后，在其患者血液中会出现乙型肝炎病毒的特有标志物，血清标志物主要有以下几种：HBsAg、HBeAg、抗-HBs、抗-HBcIgM、抗-HBcIgG和抗-HBe。
（1）乙型肝炎病毒表面抗原（HBV-HbsAg）。感染早期出现，可见于临床表现与丙氨酸转氨酶尚未升高之前2周∽2个月出现于血清中，阳性可达数月乃至终生。若HbsAg持续2个月以上，约有1/3病例转为慢性，在HBV感染的所谓“窗口期”HbsAg可以阴性，而其它的血清标志物抗-Hbe可阳性。
（2）乙型肝炎病毒表面抗体（抗-HBs）。是一种中和抗体，有保护性，阳性表示曾感染过HBV。是乙型肝炎痊愈的标志，也是疫苗接种成功的标志，说明抗体是有抗HBV感染的能力，可持续多年。
（3）乙型肝炎病毒e抗原（HbeAg）。急性期出现，晚于HbsAg，而消失较早，和HBV-DNA有密切的相关性，是病毒复制的标志，具有传染性，表明肝细胞正在被破坏，如阳性持续10周以上，有可能进展为慢性持续性肝炎。e抗原阳性的孕妇有垂直传染性，90%以上的婴儿，HbeAg也为阳性。
（4）乙型肝炎病毒e抗体（抗-HBe）。e抗体出现，表示病毒复制已减少，传染性降低，肝细胞损害有所减轻，但e抗体是感染抗体，不是保护性抗体。急性期e抗体阳性可进展为慢性肝炎；慢性活动性肝炎阳性可进展为肝硬化。若HbsAg、抗-Hbe阳性伴丙氨酸转氨酶升高，应警惕原发性肝癌的可能性。
（5）乙型肝炎病毒核心抗原（HbcAg）。存在于病毒核心和感染细胞内，血液内一般不以游离状态存在，血清中阳性表示血液具有感染性的完整HBV，提示HBV复制活跃，传染性强、预后差。
（6）乙型肝炎病毒核心抗体（抗-HBc）。血清中出现于HbsAg阳性后2～4周，IgM型维持时间约6～18个月，是近期感染的标志，转为阴性预示乙肝患者已恢复。IgG可持续终身，是曾感染的标志。在所谓的“窗口期”可能只有抗-HBc阳性，抗-HBs阳性，伴低滴度抗-HBc阳性表示机体对HBV有一定的免疫力。
（7）乙型肝炎病毒前S2蛋白（pre-S2）和前-S2抗体（抗-pre-S2）。在性急期，病程在1个月前pre-S2抗原阳性可达86.9%，抗-PreS2出现率为27.3%；病程1～6个月抗原阳性率下降，抗体阳性率上升。慢性活动性肝炎pre-S2检出率高达80%，慢性迁延性肝炎为82.6%。抗pre-S2的出现可作为感染恢复的指标，但是否能清除病毒和有保护作用，尚未有一致的认识。