容易与支气管炎、肺炎，气管、支气管异物，肺门淋巴结结核（可引起类似百日咳的阵咳，但无鸡鸣样吸气声，还可根据结核接触史、胸部X线检查等加以鉴别），百日咳综合征（症状酷似百日咳，但病原体分离无百日咳杆菌）等疾病相误诊。