1.其他化脓性脑膜炎。如肺炎双球菌、流感杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌等可引起化脓性脑膜炎。它们的临床表现及脑脊液改变与流脑相近，易造成误诊。

2.结核性脑膜炎。结核性脑膜炎表现的发热、头痛、呕吐及脑膜刺激征与流脑相似，且一部分结核患者早期脑脊液改变可以有白细胞增多，易与流脑相互误诊。

3.流行性乙型脑炎。突然起病、高热、意识障碍、头痛、呕吐及脑膜刺激征，有时不易与流脑鉴别，易造成误诊。

4.虚性脑膜炎。败血症、伤寒肺炎、恶性疟疾、斑瘀伤寒等严重全身性感染常因有高度毒血症而发生脑膜刺激征，以小儿多见，易造成误诊。

5.中毒型细菌性痢疾。短期内高热，昏迷惊厥、休克、呼吸衰竭等症状有时不易与流脑区别，从而造成误诊。

6.流行性出血热。本病在11～12月为流行高峰，流行时间与流脑相近，可出现高热，皮肤出血点、休克、甚至意识障碍，容易造成误诊。