医生根据在7、8、9三个月中，10岁以下儿童，突然出现高热、头痛、呕吐、嗜睡等表现，重症患者有昏迷、抽搐、吞咽困难及呼吸衰竭等症状。医生体检发现脑膜刺激征，病理反射阳性等表现，结合脑脊液等实验室检查，大多数病人能够明确诊断。
乙脑脑脊液变化：无色透明、压力仅轻度增高、白细胞计数增加，在50～500/mm3，之间，糖正常或略增高，蛋白质轻度增高，氯化物正常。
确诊有赖于病毒分离，但由于该项检查需昂贵的实验设备及条件，故一般不做此项检查。