有40%～50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体引起。衣原体和支原体是不被大家认识的病原体。沙眼衣原体引起的疾病较多，如沙眼、性病性淋巴肉芽肿等，但沙眼衣原体可分为18个血清型，不同的血清型可引起不同的疾病。支原体是比衣原体还要小的病原体，除引起生殖道感染外，还可引起肺炎。在致病微生物中，细菌较衣原体大，衣原体较支原体大,而支原体又较病毒大。所以说衣原体和支原体是介乎于细菌和病毒之间的微生物。沙眼衣原体是一类在细胞内寄生的微生物，大小约250～450纳米。衣原体不耐热，在室温下迅速丧失其传染性，加温至50℃，30分钟即可将其杀死。但是衣原体耐寒，-70℃下能存活数年。四环素、红霉素、氯霉素对它有抑制作用，而链霉素、新霉素对它则无效。常用的消毒剂如0.1%甲醛、0.5%石炭酸可将衣原体迅速灭活。支原体大小为200纳米，它没有坚硬的细胞壁结构，因而在形态上呈现多形性,人类至少是11种支原体的自然宿主，而5种支原体（肺炎支原体、人型支原体、解脲支原体、生殖道支原体和隐匿支原体）对人类有致病性。人的生殖道支原体病是由人型支原体、生殖道支原体和解脲支原体引起的。支原体比细菌对外界环境的抵抗力弱，45℃15分钟即被杀死，对肥皂、酒精、四环素、红霉素、卡那霉素等敏感。由于青霉素的作用是抑制细菌的细胞壁合成，所以青霉素对支原体是无效的。