1.结核性脑膜炎。结核性脑膜炎有时临床表现与乙型脑炎相似，难以区别，易致误诊。胸片及脑脊液等检查可作出鉴别。

　　2.化脓性脑膜炎。化脓性脑膜炎中的头痛、呕吐、高热、意识障碍，惊愕及脑膜刺激征与乙型脑炎表现相似，易致误诊，脑脊液检查可区别之。但早期，不典型病例或未充分治疗病例的脑脊液变化不大，不易鉴别，极易误诊。应观察其临床进展，并应用血清学检查区别之。

　　3.传染后及接种后脑炎。麻疹、水痘、风疹等急性传染病均可发生脑膜炎及脑炎。接种牛痘菌苗及狂犬病疫菌，偶尔亦可因变态反应而产生脑膜脑炎。其临床症状、脑脊液变化与乙脑相似，易致误诊。

　　4.其他病毒性脑膜炎。如肠道病毒、脊髓灰质炎病毒、疱疹病毒、流行性腮腺炎病毒等均可致脑膜炎。其临床表现及脑脊液变化与乙脑相似，极易误诊。

　　5.中毒性菌痢。中毒性菌痢可有高热、抽痉、昏迷等神经系统症状，很像乙脑，易致误诊。

　　6.脑型疟疾。有不规则高热、昏迷、抽痉，可与乙脑混淆，易误诊。

　　7.其他。各种急性传染病如伤寒、肺炎、败血症等所致中毒性脑病，亦可有脑症状出现。真菌性脑膜炎亦有高热及中枢神经系统症状，有时易致误诊。