主要经泌尿道、生殖道粘膜引起感染，男性首先累及尿道，引起化脓性尿道炎。侵及尿道腺，直接蔓延可引起前列腺炎，附睾炎或精囊炎，男性同性恋者，肛交可致淋菌性直肠炎，口交可致淋菌性咽炎。女性尿道炎因症状不明显，未能及时治疗，感染播散发生率比男子高出一倍，男性患淋球菌性尿道炎90%以上都有症状，可及时治疗，从而使感染播散机会大为减少，女性的前庭大腺，尿道旁腺和宫颈腺皆可受累，尚可引起急性输卵管炎，多见双侧性，炎症愈合后常发生粘连和纤维化，因输卵管管腔阻塞，可致不孕。

　　淋球菌偶可侵入血液，引起其他部位感染灶，以关节最为常见。此外，尚可引起败血症、心内膜炎、脑膜炎、皮肤损害等。