1.与阑尾炎及输卵管妊娠相误诊。淋菌性输卵管炎两侧附件有压痛，伴有或不伴有包块，最近有过不洁性交并出现尿道炎，在阴道排出物，宫颈渗出物中找到淋球菌。则提示淋菌性输卵管炎，如确实难以与兰尾炎或输卵管妊娠相鉴别则可作腹腔镜检查或剖腹探查，以明确诊断。
2.与非淋球菌性尿道炎相误诊。可提取分泌物涂在玻片上镜下查找细菌或作细菌培养检查，根据查找到或培养出的细菌类别来协助诊断。
3.与风湿性关节炎相误诊。该病所致关节炎可从关节液中检出淋球菌，而风湿性关节炎则抗“Ｏ”血沉一般是增高的。