传染源是指体内有病原体生存、繁殖并能排出病原体的动物和人。人禽流感的传染源主要是病禽和带毒禽，包括水禽和飞禽。研究显示，对于高致病性禽流感，1克污染的粪便中病毒的含量就可造成100万只禽感染。目前还不能认为人类是禽流感的传染源。
确诊为禽流感的患病禽类是最主要的传染病（包括禽的羽毛、羽绒、分泌物、排泄物），此外有带毒禽类或候鸟。