肾结核原发病灶几乎都在肺内，但亦偶见于继发骨关节、淋巴及肠结核。结核杆菌到达肾的路径有４种：血液、尿路、淋巴管和直接蔓延。后两种路径只在特殊情况下才能发生，不是一般肾结核的感染来源。经尿路感染在临床上虽有意义，但这是结核病在泌尿系的一种蔓延，不是结核菌在泌尿系最初引起感染的途径。结核杆菌经血液循环到达肾脏，这是已被公认的最主要的感染途径。

1.血行感染。身体其他部位的结核病灶，其中主要是肺结核发展到菌血症时，结核杆菌可随血液循环侵入肾脏，如果肾脏有一定的敏感性，例如肾脏局部有循环障碍、有外伤或由于大量结核菌形成的细菌栓子，则结核杆菌便可停留在肾小球的毛细血管丛中形成结核感染。这种感染约90%发生在肾的皮质，约10%发生在肾的髓质。

肾结核的血行感染是双侧性的，病理检查证明80%以上的病例是双侧感染。病变主要在肾皮质时，并不引起临床症状，称为病理性肾结核，此期肾结核可在尿中查出结核杆菌。这种早期结核病变有可能完全愈合。如果机体抵抗力低下，个别病灶不愈合，则病变继续发展，逐渐向肾的髓质扩大或破入肾小管，结核杆菌经肾小管到达享利氏袢，在肾的髓质形成病灶。病灶在髓质继续发展而引起临床症状，而称之为临床型肾结核，这就是我们临床上常说的肾结核。

 病理性肾结核以双侧性的占多数，但临床肾结核却以单侧病变多见，据统计，临床肾结核85%以上是单侧的。我国统计的大组肾结核病例中，仅9.8%的病例在临床上是双侧性的。

 临床上所见的双侧肾结核可以来自经血行感染的早期双侧病理肾结核；也可以在一侧肾发展到临床阶段，对侧未愈合而后来又发展到临床阶段；或者一侧肾结核蔓延到对侧肾脏，对侧产生继发性的结核病变。

肾皮质结核发展为髓质结核后，病变进行性发展，肾乳头发生溃疡、坏死，病变蔓延到肾盏、肾盂，进而可使一侧肾脏整个遭到破坏。肾结核经尿路向下蔓延，最终将引起输尿管、膀胱及尿道结核。

2.尿路感染。一侧肾结核发生后，由于结核菌尿的反复污染或结核病变向下蔓延，可以造成输尿管结核和膀胱结核。膀胱结核可累及对侧输尿管口，并因尿流逆行到对侧肾脏而使其遭受感染。单纯由前尿道上行感染而造成肾结核的，在临床上很少见。

3.淋巴感染。肺或生殖系统的结核菌可到达肾周围的淋巴结，之后再感染肾脏。亦有人认为附睾结核可经淋巴管逆行而波及肾脏。

4.直接感染。肾的邻近组织和器官感染结核后，直接侵犯肾周围组织，进而侵犯肾脏。例如脊柱结核、肠结核等在特殊情况下能使肾脏受累。

以上4个感染途径，以血行感染最为重要，其他3种或是在已有过血行感染的基础上结核病的继续蔓延，或是在特定的解剖条件下经淋巴管及血管局部侵犯，但都很少作为一个单独感染途径而致使肾脏发病。

发生于身体的其他部位原发病灶的结核杆菌经血液侵入肾脏后，如果此时肾脏抵抗力不强即形成结核感染。这种感染在肾小球的毛细血管丛中开始形成结核病灶，这种病灶90%在肾皮质，并不引起临床病象，在尿中可查到结核杆菌，称为肾皮质结核，也称病理性肾结核。