1.膀胱炎。肾结核常常继发结核性膀胱炎，从而出现尿频、尿急、尿痛，如果不作详细检查，很容易与一般性膀胱炎相互误诊。

2.慢性肾盂肾炎。肾结核所致的膀胱炎，可有混合感染，给予非抗结核消炎治疗，症状也可暂时好转，慢性肾盂肾炎引起的膀胱炎常常反复发作，且时轻时重。在肾结核早期，肾脏B超或造影检查结核改变可能不明显，这时就很可能误诊为慢性肾盂肾炎。慢性肾盂肾炎出现血尿和尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状时呈间歇性发作，时轻时重，一般无进行性加重。而肾结核所致的膀胱炎则是持续性进行性逐渐加重。急性肾盂肾炎患者常伴有腰酸、腰痛和发烧，尿的普通细菌培养可以发现致病菌，膀胱刺激症状亦可出现，但一般情况下表现为发病急剧，病程短促。而肾结核在无明显继发感染时，主要表现为慢性膀胱炎的症状。因此，凡是没有明显原因的慢性膀胱炎，病程较长且症状逐渐加重者，都应考虑有肾结核的可能性，慢性膀胱炎在一般情况下并不是一个独立的疾病，在女性，急性膀胱炎可以是原发的，但慢性膀胱炎几乎是都有诱因。在男性，原发的急性膀胱炎已很少见，慢性膀胱炎则几乎不存在。急性前列腺炎或部分慢性前列腺炎患者可以有尿频、尿痛、尿急出现，除此之外，凡是在青壮年男性出现慢性膀胱炎的症状，都要想到有肾结核的可能。

3.泌尿系结石。肾结核的典型症状是尿频、尿急、尿痛、脓尿和血尿，泌尿系结石时间较长，尤其是膀胱结石，往往也出现尿频、尿急、尿痛、血尿等膀胱炎症状，当为隐性结石时，如不进行一步检查，往往易与肾结核误诊。泌尿系统结石血尿的出现多与患者的活动、疼痛相关联。静止的肾结石仅有肾区钝痛或无自觉症状，结石活动后可引起肾绞痛。输尿管结石往往有典型的肾绞痛。膀胱结石可造成耻骨上疼痛、尿流中断、排尿困难，尿线变细或分叉等表现。结合上述临床症状和肾、输尿管、膀胱的X线检查结果，多可以对结石病作出诊断。

4.泌尿系肿瘤。泌尿系肿瘤的血尿常为无症状的血尿，少数非典型病例的肾结核也可出现无症状的大量血尿，在这种情况下，如果不行内窥镜、造影或Ｂ超、CT、磁共振等检查，与肾结核相互误诊也不是没有可能的。肾或膀胱的肿瘤主要特点是无痛性的间歇血尿，常表现为血尿突然出现，有时很严重，不经任何治疗突然减轻或消失。肾肿瘤逐渐增大时，有的可以出现腰部不适或疼痛，亦可表现为腰部肿块。膀胱肿瘤除了有无痛性血尿之外，亦可表现为排尿困难或尿潴留。泌尿系统肿瘤出现膀胱刺激症状多说明已有感染，而在继发感染之前，多数已有无痛性泌尿系统肿瘤，出现膀胱刺激症状说明已有继发感染，而在继发感染之前，多数已有无痛性血尿等症状被发现，因此与肾结核所引起的持续存在的尿频、尿痛、尿急及终末血尿等症状作鉴别诊断并不困难。

5.多发性肾囊肿。肾结核伴较严重的肾积水时，B超、CT、磁共振检查与多发性肾囊肿相似，造影检查也有类似肾结核改变，更容易相互误诊。

例如：一位女性32岁患者。于1973年9月尿频、尿急、尿痛一年入院。既往有肺结核病史。入院后多次查尿常规示红细胞20～40/高倍视野，脓细胞50以上/高倍视野，血沉112厘米/小时。静脉尿路造影示左肾不显影，考虑左肾结核，经三个月的联合抗痨治疗，无效，行左肾切除术，病理证实为多囊肾。