1.本病进展较为缓慢，从肾脏感染结核到出现临床症状（即发展为临床肾结核），大部分需要4～5年时间，故早期得不到患者的重视，一般不能及时就诊，因此极易被延误诊断。

2.医生主要是缺乏对本病的足够重视，患者常自述有尿频、尿急、尿痛症状，大部分于当地卫生院（所）就诊，当作一般泌尿系感染，给予消炎治疗，症状确有一定改善，所以到上一级医院就诊，往往也被考虑为一般泌尿系感染，未作尿结核杆菌及B超、CT、或核磁共振、造影等检查，从而误诊。

4.少数患者由于输尿管的早期闭塞，病变不能延至膀胱，只出现腰痛、肾肿大等局部症状，并不会有尿频、尿急、尿痛、血尿、脓尿等肾结核症状，如果医生不作详细或必要的检查，也极易误诊。