病理性肾结核发展到临床肾结核往往经过较长时间，大部分在4～5年后才出现临床症状，故早期肾结核极不易被诊断。肾结核出现临床典型症状时，诊断一般并不困难，当有尿频、尿急、尿痛、血尿、脓尿等，尿常规检查为酸性，含少量蛋白，有红、白细胞及脓球等表现时要高度怀疑，应进一步进行有关检查，如24小时尿结核杆菌培养、膀胱镜、X线平片、肾盂造影、超声、CT和肾穿刺造影等检查确定诊断。其诊断依据如下：

1.多发生于20～40岁，进行性尿频、尿急和尿痛，脓尿或血尿。严重者可致尿失禁。

2.尿常规检查为酸性尿，有少量蛋白、有红、白细胞或脓细胞。普通细菌培养阴性。

3.24小时尿中查到结核杆菌。尿液PCR检查结核杆菌DNA阳性。

4.膀胱镜检查可在一侧输尿管口附近见有粘膜充血，或结核结节、溃疡。严重者膀胱粘膜广泛充血，结构不清。膀胱容量过小时忌做此项检查。

5.肾盂造影可见肾盏边缘如虫蛀状或有空洞形成。晚期病肾不显影，对侧肾和输尿管可有积水现象。

6.核素肾图检查判定肾功能损害程度。

7.B超、CT扫描有助于诊断。

8.可伴发生殖系结核，或并存有其他器官结核。

确定有肾结核后，必须进一步了解病变的部位、范围、程度，对侧肾的情况，以便制定最佳的治疗方案。