1.肾结核。肾结核大多累及膀胱，典型的临床表现为尿频、尿急、尿痛及终未肉眼血尿，肾结核也是尿路感染，只不过是由特殊菌结核杆菌感染所致，临床上极易与普通尿路感染混淆，常有肾结核反复使用普通抗菌素治疗无效以致累及双肾而致尿毒症的病例，也常有慢性尿路感染迂延不愈而怀疑为肾结核的病例。

2.泌尿系结石合并感染。只有少数尿路结石出现肾绞痛，大多数表现为间歇性或为持续性的腰部钝痛，可伴血尿，如并发感染时，有寒战、高热、腰痛及尿频，尿急、尿痛的膀胱刺激症状，与尿路感染的症状相似，容易互相误诊。

3.膀胱肿瘤、肾肿瘤。尿路感染的部分病人没有或只有轻度尿路刺激症状，而以反复发作的肉眼血尿为主要表现，尤其是老年患者，当以无痛性肉眼血尿为主诉时，医生首先会考虑膀胱或肾脏肿瘤，这在临床上经常见到。

4.高血压病。慢性肾盂肾炎并发高血压者占22%～70%，约半数患者无急性肾盂肾炎发作史，无明显尿路刺激症状或十分不典型，常以头晕，头痛为主诉而就医，几乎追问不出尿路感染的症状，因此，易误诊为高血压病。

5.其他。无症状菌尿由于没有症状，不容易引起病人及家属的注意，往往就诊较迟，就诊后常以其他症状为主诉，易误诊为其他疾病，多见于青年妇女，妊娠妇女，尿路器械检查后或慢性肾脏病并发尿路感染的患者，婴幼儿患者往往缺乏膀胱刺激症状，而以高热惊厥、恶心等消化症状出现，易误诊急性胃肠炎等，多发性骨髓瘤患者由于全身抵抗力低下，易伴发肾盂肾炎，而本病在早期骨痛，骨质破坏常不典型，易误诊，另外男性患者与前列腺炎，前列腺肿大互相误诊。

另外，有些疾病，例如淋病，患者也有尿道炎，经常有尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状，容易与一般尿路感染相混淆。如一名患者，尿频、尿急、尿痛数月，经常自购一些消炎药服用，但总是反反复复，去不了根。追问病史，病前有不洁性交史，碍于面子，没有到医院就诊，经专科检查确诊为淋病，采用针对性的治疗，很快治愈。