1.尿路感染。结石常继发尿路感染，尿路感染又能促进泌尿系结石的发生，两者互为因果，从症状到体征上难以鉴别，尤其是无肾绞痛的患者。临床遇到尿路感染的病例，尤其是感染反复发作、难以控制者，应想到有结石存在的可能，应及时做B超、X线腹部平片或肾盂造影等有关检查。

2.肾结核。泌尿系结石继发的脓肾可因忽视病史等原因而误诊为肾结核。泌尿系结石和肾结核均有血尿，但后者明显为多，大多数血尿最常见的病因是肾结核。另外，慢性膀胱刺激症状是诊断肾结核的主要依据，80%以上的肾结核患者有膀胱炎症状。最后还应询问及检查患者有无其他部位的结核，总之在鉴别诊断中应重视病史。

3.肾炎尤其是急性肾炎。几乎所有病人均有血尿，但肾炎的血尿在镜下，红细胞有特殊的形态学变化，形态各异，大小不等。而泌尿系结石的血尿在镜下形态正常。做此项检查，很容易将两种疾病区别开来。

4.阑尾炎。泌尿系结石极易误诊为阑尾炎，阑尾炎右下腹疼痛明显，伴有肌紧张和反跳痛。而输尿管结石患者疼痛剧烈，但腹部体征轻微，肾区叩击痛多很明显。尤其疼痛发作时叩击痛的阳性率更高，临床医师不要忽视此项检查。

5.胃肠道疾病。溃疡病、胆石症、胆囊炎、胰腺炎等所引起的疼痛可与肾输尿管结石的疼痛相混淆，但尿中常无红细胞。

6.妇科疾病。泌尿系结石误诊为妇科疾病的有输卵管炎、宫外孕、子宫肌瘤、痛经、卵巢肿瘤等。

7.其他。有些老年患者尿线变细或尿流中断易误诊为前列腺肥大；双侧泌尿系结石梗阻所致的慢性肾功能不全常误诊为慢性肾炎；肾及输尿管结石引起的疼痛可向同侧大腿放射，易误诊为腰腿痛等。

8.与肿瘤同时存在。例如。一位男性患者，右侧腰痛、血尿2月，泌尿系X光平片示右肾下极结石，静脉造影示右肾结石并积水，逆行造影示右输尿管中段充盈缺损，可随输尿管蠕动而上下摆动，术前诊断肾结石、输尿管内血块。手术中见输尿管中段肿瘤，蒂较长，可上下摆动。确诊为原发性输尿管癌和肾结石。