1.肺结核。卫氏肺吸虫最常寄生的部位是肺,发病后有咳嗽、血痰等呼吸道症状,X线胸片可显示片状或结节状阴影,或密度不均、边缘模糊的云絮状阴影，极易误诊为肺结核。但肺结核常有全身结核中毒症状，多有长期低热，每于午后或傍晚开始，次晨降至正常，伴有疲倦、乏力、夜间盗汗、食欲减退、体重减轻，妇女可有月经不调、易激惹、心悸、面颊潮红等。留痰查结核菌、结核菌素皮试等阳性，即可确诊为肺结核。肺吸虫病无明显的全身感染等中毒症状，痰中可找到虫卵、嗜酸性细胞及夏科-雷登结晶等，可资鉴别。
2.结核性胸膜炎。当肺吸虫四川并殖吸虫移行入胸腔时，咳嗽、血痰较少，而主要是胸痛、渗出性胸腔积液或胸腔肥厚等改变，易误诊为结核性胸膜炎。但此病除有结核感染的全身中毒症状外，胸水早期中性粒细胞占多数，慢性期则以淋巴细胞为主；而肺吸虫病的胸水中主要为嗜酸性粒细胞增多，可找到虫卵。肺吸虫病的皮内试验、补体结合试验、后尾蚴膜反应、酶联免疫吸附试验等阳性，均有助诊断。
一位28岁男病人，因发热、出汗、咳嗽、咳铁锈色痰，全身酸痛、乏力，胸部触及包块1周入院。查体：体温39℃，右侧胸、腋部皮下有约红枣大小的包块，质地软，无压痛。听诊双肺呼吸音粗糙。血白细胞10.5×109/L，中性粒细胞0.70，嗜酸性粒细胞0.10；痰涂片未见致病菌。X线胸片示肺小片浸润阴影。诊断为肺炎，肺结核待除外。用青霉素等治疗，全身情况好转，但先后在胸、腹、背部出现多个大小不等圆形包块，且呈游走性。追问病史，病人1个月前在外打猎，有过饮溪水、生吃蟹史，即取胸、背部皮下包块活检为嗜酸性肉芽肿，最后确诊为肺吸虫病。经服吡喹酮1周，皮下包块消失，痊愈出院。
3.结核性腹膜炎。腹型肺吸虫病表现为腹痛、腹泻、脐周围压痛，腹部可扪及结节或肿块，虫体在腹腔内移行可以引起广泛炎症粘连或腹水，易误诊为结核性腹膜炎。但结核性腹膜炎病史中大多数病人有身体其他部位结核病史，有结核的全身中毒表现，有腹胀、腹痛、腹泻、腹水，腹壁触诊有柔韧感为其特征。腹水为淋巴性渗出液，腹膜穿刺活检可显示干酪性肉芽肿，染色可见抗酸杆菌，腹腔镜检查可见黄色粟粒样结节等。这些均可与腹型肺吸虫病相鉴别。
4.颅内肿瘤。脑型肺吸虫病可表现头痛、呕吐、视力减退、视神经乳头水肿等颅内压增高的表现，早期易误诊为颅内肿瘤。但该病除有以上表现外，一般有某项特定的脑功能（如说话、语言、空间定向等）的进行性损害，颅内某个特定解剖部位的局部神经损害（如桥小脑角），癌症病人突然出现脑神经症状等，均应考虑到颅内肿瘤。脑CT、磁共振成像等检查可确诊。
一位9岁男孩，因头痛、呕吐1个月，左侧肢体功能障碍3天入院。查体：体温37.5℃，左侧轻度面瘫，左上、下肢肌力减弱，左侧巴宾斯基征阳性，皮肤无包块。血嗜酸细胞计数0.65×109/L。X线胸片无异常，脑CT扫描提示右丘脑区多个圆形等低混合密度影，病灶周围有水肿，右侧脑室受压，但中线移位不明显；增强CT扫描有斑片状不规则强化。CT诊断为胶质瘤。转外科治疗，为了排除颅内动静脉畸形做右侧颈内动脉造影，结果未见异常。追问病史，患儿在3个月前有食生蟹史，肺吸虫抗原酶联免疫吸附试验阳性。确诊为脑型肺吸虫病。用吡喹酮100毫克/公斤2日疗法，每疗程间隔7天，共用4个疗程后复查CT，颅内病灶消失，治愈出院。
5.原发性癫痫。脑型肺吸虫病多见于儿童与青壮年，如肺吸虫的幼虫移行到颅内，在脑组织内停留，可引起组织破坏，形成穴状病灶，其周围有肉芽组织增生等改变。临床除有神经系统的症状外，还可有癫痫发作，易误诊为原发性癫痫。但肺吸虫病有癫痫发作者，一般在下腹部至在腿间皮下深部肌肉内可扪及1～6厘米的肿块，结节内若发现成虫或虫卵即可明确诊断而排除原发性癫痫。