1.由于本病1/3无症状，1/10仅表现“感冒”症状，部分患者虽然肺部有炎症，但由于其症状轻微或根本没有症状而被忽略。

2.支原体肺炎的临床表现与其他病原体所致肺炎雷同，主要是发热、咳嗽、胸痛等，各类型肺炎自身都因人个体差异而轻重不一，表现各异，所以临床上很容易互相误诊，多数被误诊为细菌性肺炎。

3.由于本病一般预后良好，症状较轻，所以医生往往不甚重视，缺乏深入了解，警惕性明显不高，多凭经验用药，认可传统经验模式。

4.目前很少医院常规开展特异性较强的血清学检查，多采用传统冷凝集试验，准确性较差。

5.部分病例表现为心脏、心包、脑、耳、肾脏等器官受损的症状、体征，很容易误诊为相关脏器的感染性疾病。