1.病毒性肺炎。虽然病毒性肺炎主要发生在小儿，但成人亦可见到，症状、体征类似于支原体肺炎，血白细胞多数都不增高，症状轻重不一，多数抗生素治疗无效，往往需要特殊检查才能鉴别。

2.细菌性肺炎。细菌性肺炎种类繁多，临床表现差异很大，也可以类似支原体肺炎，咳嗽明显，中毒症状不剧，血白细胞不高，有时很难鉴别。根据抗生素治疗效果及特殊血清学检查可明确诊断。

3.衣原体肺炎。衣原体肺炎的临床特点与支原体肺炎非常相似，不易鉴别。但病人往往有病毒接触史，很少流行性发生，一般要靠血清学检查区别。

4.军团菌肺炎。症状轻的军团菌肺炎与支原体肺炎近似，其特点都是发热、咳嗽剧烈，肺部体征少，无脓痰，血象通常不高，而红霉素治疗都有效，惟一的鉴别依据是血清学变化。

5.肺结核。有些不典型肺结核早期与支原体肺炎不易鉴别，而近年肺结核发病率逐年增高，越来越不典型，有时二者出现相互误诊的现象。但随着病情的进展，各自的特点会逐渐明朗，支原体肺炎属自限性疾病，一般都能自愈，而结核病不经过抗结核治疗，会持久不愈。