肝脏接受肝动脉和门静脉的双重血液供应，并通过其与胆道及肠道等处血管相通，因此发生感染的机会很多，但由于肝脏有丰富的血液供应和网状内皮系统强大的吞噬作用，可以杀灭入侵的少量细菌，并且阻止其生长，因而细菌性肝脓肿并不经常发生。只有在抵抗力减弱时，入侵的化脓性细菌才会引起肝脏感染而形成脓肿。其病源体以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和链球菌最为多见。经胆道及门静脉播散者多为大肠杆菌、厌氧链球菌所致，经肝动脉者多以葡萄球菌为常见。细菌性肝脓肿多为全身化脓性疾病，特别是腹腔内感染的继发症，常通过下列途径而达肝脏。

    1.胆道系统。胆总管由于结石、蛔虫、肝吸虫等阻塞继发化脓性胆道炎症时，细菌可沿管道上行入肝，这是目前最主要的侵入途径。也是细菌性肝脓肿最常见的原因。有资料统计约21.6%～51.5%的细菌性肝脓肿是由胆道疾病引起的，其中以肝胆管结石及感染并发肝脓肿者更为常见，胆道疾病引起的肝脓肿常呈多发性，且以右叶最多见。

    2.门静脉。腹腔内感染，如坏疽性阑尾炎、溃疡性结肠炎、痔疮感染等时，细菌或脓栓通过门静脉而入肝。另外门静脉本身发炎时，当然也可以引起肝脓肿。不过自从临床上广泛应用有效抗生素以来，这种途径的感染已大为减少。

    3.肝动脉。全身任何部位的化脓性感染，如化脓性骨髓炎、细菌性心内膜炎、疖痈或其他败血症，上呼吸道感染、化脓性扁桃体炎等。细菌均可经肝动脉入肝，但是这类感染一般均机体抵抗力非常低下时，细菌才能在肝内繁殖形成肝脓肿。

    4.淋巴道。肝脏附近的炎症，如胆囊炎、十二指肠溃疡穿孔、膈下脓肿等均可由淋巴道侵入肝脏。

    5.肝外伤后的继发性感染。在开放性肝损伤时，细菌可随伤处直接侵入肝脏发生肝脓肿，有时闭合性肝损伤形成肝内血肿时，易引起内源性细菌感染，尤其是合并有肝内小胆管破裂时，更易发生细菌性感染而形成肝脓肿。

    化脓性细菌入肝后，发生炎症改变，或形成多发小脓肿，经适当治疗，散在小脓肿多能吸收机化，但在病灶较密集部位，由于组织破坏，小的脓肿可融合成一个或数个较大脓肿。血源性葡萄球菌感染的常呈多发性，病灶常见于右肝或累及全肝。如感染来自肠道或门脉，并以大肠杆菌为主的则有胆管扩张、管壁增厚、多发性脓肿常与胆管相通。由于炎症反复发作后的纤维增生，很少成为巨大脓肿或脓肿穿破。肝外伤引起的脓肿一般均为单发性。