1.阿米巴性肝脓肿。阿米巴性肝脓肿与化脓性肝脓肿的症状与体征有很多相似之处，阿米巴性肝脓肿多见于成人，发病缓慢、病程长、中毒症状不明显、脓肿常呈单发性，常伴有阿米巴性肠炎和脓血便史。粪便中常可找到阿米巴滋养体。这些与化脓性肝脓肿都不相同，如行脓肿穿刺抽脓检查。阿米巴性脓肿为巧克力色脓汁，而化脓性脓汁呈绿色、黄色、灰色等。

    2.胆囊炎、胆石症。胆囊炎、胆石症与细菌性肝脓肿可为因果关系，但单纯性胆囊炎、胆石症常有反复发作病史，全身反应轻，可有右上腹绞痛，且放散至右肩部，伴恶心、呕吐、右上腹肌紧张，胆囊区压痛明显或触及肿大胆囊、黄疸多见，X线检查膈肌不升高，运动正常，B型超声检查无液性暗区。

    3.右膈下脓肿。两者鉴别有时较难，尤其是肝脓肿突破合并膈下脓肿时。一般膈下脓常有前驱病变，如胃、十二指肠溃疡穿孔后弥漫性或局限性腹膜炎史，或有阑尾炎急性穿孔，以及上腹部手术后感染史等。膈下脓肿的畏寒、发热等全身反应和肝区压痛、叩痛等局部体征均没有化脓性肝脓肿显著。其主要表现为胸痛，深呼吸时疼痛加重。肝不大，亦无压痛，X线检查膈肌普遍抬高、运动多受限。

    4.原发性肝癌。巨块型肝癌中心区液化坏死，继发感染，B型超声检查亦有液性暗区，这易与孤立性肝脓肿相混淆。炎症性肝癌可有畏寒、发热，有时与多发性肝脓肿相似，但肝癌病史与体征均与肝脓肿不同，甲胎蛋白检查等有利于肝癌的诊断。

    5.右下肺肺炎。有时也可与肝脓肿相混，但其寒战、发热、右侧胸痛、呼吸急促、咳嗽、肺部罗音，均不同于肝脓肿，胸部X线检查有助于诊断。

    6.急腹症及病因不明的胸、腹化脓性疾病。如胃肠穿孔、急性阑尾炎、右肾周围脓肿、假性胰腺囊肿和右侧脓胸等。这些疾病常与肝脓肿溃破时表现相似，但两者病史或临床表现均有不同之处。