克罗恩病的病因目前尚未明确，仅有多种学说推测其可能的病因，认为以感染和免疫改变的可能性最大。

    1.感染因素。根据克罗恩病的病理发现与结核病相似，据此认为细菌感染是本病的原因，但是由于在病变的肉芽组织中发现了RNA致病毒因子的存在，又认为本病与病毒感染有关，但尚不能确定病毒是本病的病原体。

    2.免疫因素。实验研究发现本病患者淋巴细胞有细胞毒作用，能破坏结肠上皮细胞，血中发现有抗结肠上皮细胞的抗体，说明体液免疫和细胞免疫都有改变。另外，应用免疫抑制药物有一定的治疗效果。因此，认为与免疫异常有关。

    3.其他。还有精神因素，食物过敏因素及家族遗传因素等病因学说，但这此些不是主要的因素。