1.肠结核。多数肠结核的患者有腹痛、腹泻、低热、腹部肿块、肠梗阻临床表现，症状与克罗恩病很相似，病变部位也多涉及回肠盲部，有时累及邻近的结肠。但不呈阶段性分布，抗结核治疗有效。

    2.急性阑尾炎。因为急性阑尾炎是以右下腹疼痛为主要症状，以腹痛为主的克罗恩病也表现为右下腹疼痛，伴恶心、呕吐，而克罗恩病无典型的转移痛，右下腹压痛较为广泛，没有局限性压痛，一般发病前有腹泻和低热病史，右下腹可触及活动性包块，病期较长。

    3.溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎与克罗恩病统称为炎症性肠病，临床表现主要是腹泻、粘液脓血便、腹痛和里急后重，少数出现发热、腹部肿块、肠管狭窄、瘘管形成等，受累的肠段以直肠和乙状结肠为主，容易发生中毒性巨结肠，病变常呈连续性分布，肠外表现与克罗恩病相似，但发生率较低，该病有5%～10%的癌变率，纤维结肠镜检查可明确诊断。

    4.盲肠癌。盲肠癌的患者一般表现为腹部肿块，排便习惯改变，腹泻和低热病史，腹痛、肠梗阻、低热、消瘦、营养障碍等，这些与重症克罗恩病的表现很相似，但病人的发病年龄多在40岁以上。病程进展快，X线钡剂灌肠检查显示盲肠充盈缺损。

    5.急性出血坏死性肠炎。本病也可呈节段性分布，但多数以空肠病变为主，好发于儿童与青年，有地区性与季节性，发病前常有不洁饮食或暴饮暴食史，临床表现和克罗恩病急性起病者相似，但血便有腥臭味，病人毒血症重。

    6.阿米巴性肠炎。以腹泻为主要症状的克罗恩病需要与阿米巴性肠炎相鉴别。阿米巴性肠炎主要症状是腹泻、血性粘液便、里急后重等痢疾症状，多数病变在结肠和结肠末端，刺激症状重，粪便中找到滋养体可确诊。

    7.肠伤寒穿孔。克罗恩病肠穿孔有时与肠伤寒穿孔症状相似，因为伤寒病变也以回肠末段最为显著，急性穿孔时常引起右下腹剧痛，但肠伤寒穿孔引起的弥漫性腹膜炎较亚急性克罗恩病人严重，一般发生在伤寒发病后的2～3周。临床上化验检查常是鉴别的主要手段。

    8.其他。如慢性细菌性疾病、一些小肠肿瘤、血吸虫病、感染性肠炎、慢性肠套叠、肠憩室炎等，在诊断克罗恩病中都应考虑鉴别，只有排除相关疾病，才能确诊。