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由于真菌类型繁多，真菌性肺炎的表现也有所不同。主要有畏寒、发热、咳嗽、咳痰、胸痛、呼吸困难等，痰多为粘稠胶冻样，可呈现拉丝现象，亦可见脓性痰，常带有血丝或坏死组织。每种真菌所致的肺炎又各有特点，放线菌肺炎痰可含“硫磺颗粒”，可以形成窦道播散至邻近的心脏、肝脏等，也可以穿破皮肤形成一个小瘘管，排出硫磺颗粒样物；白色念珠菌肺炎往往在口腔、咽部粘膜表面有白色膜样物。有的可形成肺脓肿。由于肺真菌病常继发于导致机体免疫力降低和菌群失调的病人，大多都有比较严重的基础疾病，早期很容易被掩盖，不易察觉，有时会持续很长一段时间才被发现。
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