1.真菌性肺炎多为条件致病，原基础疾病会掩盖真菌感染的表现，尤其有肺部的原发疾病时，往往首先想到原发病病情变化。忽略了本病的可能。有些病人早期症候比较轻微，少数甚至没有症状、体征，病人及医生都不易察觉，延误了诊断。
2.真菌性肺炎症状、体征缺乏特异性，与其他类型肺炎尤其某些细菌性肺炎很相似；有时肺炎的诊断明确了，但无法根据临床表现确定病原体进一步分型。而且各种真菌性肺炎本身表现复杂、轻重不一，很容易混淆，使诊断更加困难。
3.真菌与其他病原体混合感染，使临床诊断更加困难，相对而言。细菌性肺炎局部及全身症状更重，因此医生易忽略真菌感染的存在。