1.细菌、病毒、支原体等引起的肺炎。这些肺炎和真菌性肺炎都不同程度有咳嗽、咳痰、胸痛、咯血、呼吸困难五大症状，同一疾病在不同个体差异很大，轻重不一，相互之间极易误诊。而易发生真菌性肺炎的高危人群亦容易感染细菌、病毒等，以细菌性肺炎发生率最高，有时两种感染同时存在，这就更增加了诊断的难度。

2.结核病。肺结核表现非常多样化，亦容易继发于有免疫缺陷或免疫功能抑制者，机体同时感染结核杆菌和真菌感染的情况很常见。肺结核的肺部及肺外症状与真菌性肺炎也很相似，但肺结核的痰量较少，也很少呈胶冻状及抽丝现象，痰检对区别二者有重要惹义。

3.卡氏肺孢子虫病。该病属原虫引起的感染，主要继发于免疫功能缺陷或低下者，一般病情凶险，进展快，表现有高热、咳嗽、咳痰、咯血、呼吸困难等，与真菌性肺炎中的奴卡菌肺炎很相似，最终要靠痰或活检肺组织找到病原体才能鉴别。

    4.其他。呈空洞性的肺霉菌感染要与细菌性肺脓肿及结核窄洞相鉴别。细菌性脓肿往往感染中毒症状重，如高热、精神萎靡、周身不适等，脓痰量大；结核性空洞则没有脓痰，可能咳出干酪样物。咯血多见且量大。此外，X线上以球形影像为特征的肺霉菌病要与肿瘤、结核球、炎性假瘤等鉴别。