病毒性肝炎的发病机理较复杂：一般认为甲型肝炎是甲型肝炎病毒直接攻击破坏肝细胞所致。而乙型肝炎的发病机理则更复杂，一般除肝细胞直接被破坏外，还引起身体其他器官病变，如乙肝相关性肾炎，乙肝相关性关节炎等。乙型肝炎的致病机理，主要是免疫病理损伤。丙肝、丁肝、戊肝、庚肝的发病机理目前尚不十分清楚。