诊断典型和非典型菌痢时，应与下列疾病相鉴别：

　　1.急性阿米巴痢疾。发热低，毒血症少见，腹痛腹泻较轻，大便呈果酱样，有特殊臭味。粪便镜检有阿米巴滋养体。粪便培养痢疾阿米巴阳性。

　　2.细菌性食物中毒。常集体暴发起病，潜伏期短，发病与食品有明显关系。临床表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，有的可致发热。从患者的粪便、呕吐物及可疑食物采样作细菌培养，多可阳性。

　　3.霍乱。来自疫区，有接触史，先泻后吐，初期无腹痛，无里急后重，吐泻物为黄水样或米泔水样，脱水严重，检出霍乱弧菌即可确诊。

　　4.急性细菌性肠炎。根据流行病学史，临床表现，粪便培养分离出病原菌或血凝集试验与急性菌痢相鉴别。

　　5.病毒性肠炎。以轮状病毒、诺沃克病毒等为常见。急性起病，呕吐、发热与腹泻为其临床特点。粪便镜检或免疫学方法可直接查出此病毒，即可确诊。血清检测特异性抗体，亦可确诊。

　　6.肠套叠。多见于婴幼儿。患儿每因阵发性腹痛而啼哭吵闹，伴呕吐、大便暗红色或血性，腹胀明显。早期无发热症状，后期肠坏死，钡剂灌肠、X线检查可协助诊断、鉴别。

　　诊断中毒型菌痢时，应与以下疾病相鉴别：

　　1.高热惊厥。多见于婴幼儿，过去常有此病史，并常可找到了引起高热的疾病，应予鉴别。

　　2.肺炎。有呼吸急促、咳嗽、紫绀、肺部体征及X线检查肺部可有病变。

　　3.流行性乙型脑炎。以急起高热、头痛、呕吐、惊厥、昏迷等临床特点为主。高热与意识障碍成正比，脑脊液有改变。

　　4.流行性脑脊髓膜炎。有脑膜刺激征，皮肤有出血点及明显的季节性，脑脊液有改变，大便无异常。

　　5.脑型疟疾。根据流行病学史，临床特点和血涂片检查疟原虫，不难作出诊断。

　　6.重度中暑。有高温接触史，肛温显著升高，皮肤灼热无汗，可伴有谵语，惊厥及昏迷等神经症状，而粪便镜检无异常。

　　诊断慢性菌痢时需与下列疾病鉴别：

　　1.慢性阿米巴痢疾。起病缓慢，大便血多于脓，或呈果酱样，粘液脓血便涂片镜检可发现痢疾阿米巴滋养体。刮取肠粘膜阿米巴滋养体阳性检出率极高。

　　2.非特异性溃疡性结肠炎。病程长，按菌痢及阿米巴痢疾治疗无效。肠镜可见粘膜出血点多，脆性强，易出血。晚期钡灌可见肠袋消失，肠管呈铅管样化，极具特征性。

　　3.直肠癌、结肠癌。多见于40岁以上患者，主要根据直肠指诊，肠镜及活组织检查来确诊，高位者须行钡灌或纤维肠镜检查。

　　4.慢性血吸虫病。有流行区域河水接触史，长期反复腹泻、肝脾肿大、血象嗜酸粒细胞增多，血清环卵沉淀试验或肠粘膜活检阳性可确诊。

　　5.其他。应与肠息肉、慢性局限性肠炎、肠道菌群失调等相鉴别。