注意卫生、洁身自爱、增强机体抵抗力是预防本病的基本措施。对衣原体和支原体共同敏感的药物有四环素、二甲胺四环素、强力霉素、氟嗪酸、罗红霉素、阿奇霉素等。对尿道炎或粘液脓性宫颈炎患者可酌情选用以上药物。如强力霉素100 毫克，口服，每日2次，连续7～14天，或阿奇霉素1克，口服，半衰期长达60小时，1次口服，可维持有效浓度5天。亦可选用罗红霉素0.3克，口服，每日1次，共7天；或0.15克，口服，每日2次，共7天。在治疗过程中，要注意到药物的毒副作用、病原体对药物的耐药性及患者的经济条件等，还要考虑到用药的疗程和妊娠期用药及儿童用药等有关问题。
治愈标准和随访：治疗结束1周应随访复查。治愈标准是症状消失，尿道分泌物涂片在1000倍显微镜下，多形核白细胞少于或等于4个。持续性或复发性非淋菌尿道炎要给予复治，并更换不同的敏感药物，同时应将疗程延长到14天。
对非淋菌性尿道炎除服药治疗外，局部治疗也很关键，常用的外用疗法有：①3%硼酸水:取200毫升湿敷阴部或冲洗外阴；②苦参饮：苦参20克，蛇床子20克，地肤子20克，黄柏20克，野菊花20克，水煎外洗，每日1次，每次30分钟。③购买洁尔阴、皮肤康、洁身纯等洗液加入适当的水，冲洗患部，每日1～2次。