钩端螺旋体病的潜伏期为2～20日，一般为7～14日，平均约为7日。临床表现较为复杂，以突然发病、高热、头痛、结合膜充血，腓肠肌痛和压痛为主，若不及时治疗病死率较高。根据钩端螺旋体病的发展过程分为如下3期：
1.早期。起病后3日左右出现早期中毒症候群，起病较急骤，畏寒发热，体温达39℃～40℃，多呈持续性高热，大约持续约1周。开始即有全身肌痛，关节疼痛及剧烈头痛。头痛多为持续性胀痛，常伴恶心、呕吐、全身衰竭无力，重者卧床不起，与发热高低不呈平行。肌痛剧烈有如刀割，尤其是腓肠肌，腰背肌疼痛压痛最突出，影响站立及行走。眼结合膜充血，不痛、不痒、不流泪、不怕光、无分泌物、无结膜水肿，持续时间长，体温正常后仍可存在。全身浅表淋巴结肿痛，以腹股沟淋巴结肿痛最最为常见，其特点为单侧或双侧，一个或多个，如蚕豆或鸽蛋大，圆形隆起有压痛，表面不热不红，不化脓、治疗后消退较缓慢。有人把此早期表现概括为“三症状”（寒热、身痛、全身乏）和“三体征”（眼红、腿痛、淋巴大）。
2.中期。即内脏损害期，依临床表现归为6个不同类型。
①流感伤寒型。此型较其他各型各型最为常见，且有逐年增多之势，是病情最轻的一个类型，只出现早期中毒症候群，无明显脏器损伤表现，用药后很快治愈。起病较急，早期主要表现为“三症状、三体征”。此外，重症者体温可高达41℃或更高，伴有烦躁、谵语、昏迷、抽搐，甚至发生心跳骤停等危象。有的一起病就出现咳嗽、咽痛、食欲减退、腹泻等类似上呼吸道感染表现。亦有些病人症状较重，有出血点，并发生休克，表现面色苍白、精神萎靡、血压下降、脉细弱、肢端厥冷、少尿、神志恍惚或昏迷，应予注意。一般此型无黄疸，病程短，多在1周左右自然恢复。
②黄疸出血型。除有较重的毒血症状外，黄疸、出血和肝肾功能损害为本型的主要特征。黄疸多于发热后3～5日体温下降时出现，并逐渐加重，约持续10日达高峰；肝脏轻中度肿大伴轻微压痛，肝功能异常。严重者黄疸迅速加深，出现腹水或肝性昏迷。随黄疸加重，病人可伴有皮肤瘙痒，相对缓脉，呃逆等。大多数病人都伴有轻重不一的出血，如鼻出血及皮肤粘膜瘀点、瘀斑、紫斑、咯血、尿血、阴道出血及消化道出血等出血现象，病人可因消化道出血而死亡。随黄疸和出血轻重的不同，可出程度不同的肾损害，表现为少尿、无尿等。肾损害严重者，可有急性肾功能衰竭，尿中见红、白细胞及管型、血中非蛋白氮、尿素氮、肌酐增高等。重症病例可发生酸中毒、尿毒症、昏迷等。急性肾功能不全是黄疸出血型常见的死亡原因，约占此型死亡病例的60%～70%。本型病程较长，平均约4～5周，病死率高。
③肺出血型。多见于青年和初次接触疫水者，除全身毒血症状外，临床特征是肺弥漫性出血。此型一般发生在病后3～5日，暴发者可发生在病后1～2日。表现为胸闷、咳嗽、痰中带血或咯血，双肺呼吸音粗糙，并有局限性湿罗音。X线检查：双肺纹理增多，有散在点状阴影或小片团块融合阴影。此时如及时治疗，约1周左右病情逐渐好转。部分病人病情继续恶化，发展成肺大出血型，此时患者烦躁不安，恐惧、面色苍白，口唇青紫、胸闷心悸、呼吸困难、脉搏加快、肺部满布湿罗音、咯血加重，此为肺出血先兆表现，如未能及时有效治疗，短期内转为极度面色苍白或青灰、唇紫绀、心慌、烦躁迅速加重、呼吸、心率显著加快、心音减弱、心律不齐，此为极期，此期就应将病人头偏向一侧，防止窒息。病情进一步加重者，表现为极度烦躁不安，神志模糊或昏迷，呼吸不规则或明显减慢，极度紫绀、继而口鼻大量涌血，使呼吸道阻塞而窒息死亡（垂危期）。本型是无黄疸钩端螺旋体病患者常见的死亡原因，病情来势猛，发展快，抢救不及时可在数小时内死亡。
④脑膜脑炎型。此型以脑膜炎或脑炎的临床表现为主，初表现为毒血症状，病程第3～5日以脑炎症状为主者，表现严重头痛，烦躁不安、嗜睡、神志不清、胡言乱语、瘫痪等。重症者可有昏迷、抽搐、急性脑水肿或脑疝、呼吸衰竭等。以脑膜炎为主者则表现为剧烈头痛、伴呕吐、颈项强直、惊厥等。脑脊液压增高，细胞数（以淋巴细胞为主）及蛋白质轻度增加，糖、氧化物多无改变，早期可以从脑脊液中分离出钩端螺旋体。以脑膜炎症候群为主者，病情较轻，预后较好，极少数转为重症，呈现脑炎症状，发生昏迷、惊厥，以至循环、呼吸衰竭，预后较差。本型经及时治疗，死亡率极低。
⑤胃肠休克型。本型较少见，也较容易忽视，该型起病后胃肠道症状突出，呕吐、腹泻剧烈，可发生休克。
⑥肾型。也较为少见故容易被忽视，该型特点为尿少、无尿及肾功能衰竭。
3.后期。即恢复期，多数病人2周左右症状逐渐消失至痊愈，少数病人于此期可出现症状，称后发症，较常见有下列几种：
①后发热。经治疗或病情自然缓解后1～5日，又出现再发热，为中度发热一般在38℃左右，约持续1～2日，血中嗜酸性粒细胞常有增高，一般认为此后发症与迟发变态反应有关。
②眼后发症。多在退热后1周至1个月左右出现虹膜睫状体炎、脉络膜炎、玻璃体混浊、葡萄膜炎、巩膜表层炎、球后视神经炎等。此后发症在我国南方多于北方，与波摩那型钩端螺旋体感染有关。
③反应性脑膜炎。少数患者在后发热期，除发热外，同时出现脑膜炎症状，但脑脊液中找不到钩端螺旋体，此后发症预后良好。
④闭塞性脑动脉炎。常在半个月至5个月，最长9个月时出现偏瘫、失语及反复短暂性肢体瘫痪。脑血管造影有动脉狭窄现象。临床补体结合试验常呈阳性，尸检脑组织中偶可找到钩端螺旋体。本症亦多见于北方，常由波摩那钩端螺旋体感染引起，儿童、青少年发病率高，此后发症预后较差。