由于钩端螺旋体病临床表现复杂多样，而且非典型病例较多，特别是散在发生时，本病容易误诊，故诊断要点，应着重考虑其相关流行病学资料，起病情况、热型、临床突出表现以及实验室检查。本病相关流行病学资料，首先要弄清该病流行特征，属全国广泛流行，以南方及西南方地区居多，可呈暴发，也可呈散在发病，发病多在6～10月夏秋收割季节或暴雨洪水后，发病以青壮年男性居多，儿童易感，农渔民为高发人群，老疫区外来人口也呈高发。此外还要弄清病人近3周内有无疫水接触史，有无传染源接触史，如鼠类、猪等。

　　钩端螺旋体病是一种急性感染性疾病，一般起病较急骤，多呈稽留型高热，少数呈弛张热，早期有寒热、身痛、全身乏和眼红、腿痛、淋巴大等典型毒血症状，中期出现明显的内脏损害，且有各型特有表现，根据钩端螺旋体病的临床特征再加上实验室检查，可以帮助其早期诊断。具体实验室检查有以下几种：

　　1.常规检查。包括血液检查及尿液检查。钩端螺旋体病病人白细胞总数一般都有轻度增高，50%患者可达1万～2万/升，中性粒细胞也增多，多在80%～95%之间，血小板减少，出凝血时间延长，血沉常增快，后期部分病人可有嗜酸性粒细胞增高。尿液检查中，约70%钩端螺旋体病患者在发热期尿中可有轻度蛋白、白细胞、红细胞和管型。

　　2.病原体镜检。血涂片染色后直接镜检可检出形态典型的钩端螺旋体。

　　3.血清学检查。可用补体结合试验，乳胶凝集抑制试验，反向血凝试验、间接免疫荧光试验、酶联免疫吸附试验等检测法检测血清抗体，在病程的一周内和10～20日各取一份血清，凝集效价1：400以上有诊断价值；第二份血清比第一份的凝集效价增加4倍或4倍以上时可以确诊，如能检出抗钩端螺旋体的抗体则有早期、快速诊断价值。

　　4.病原体分离：发病1周内取血，2周后取尿，脑膜脑炎型者取脑脊液，以沉淀集菌法镜检找到钩端螺旋体，便可确诊。必要时也可采用钩端螺旋体培养及动物接种试验以利确诊。