部分患者经过治疗，病程短，恢复快，且不留后遗症，预后良好。
部分患者病情迅速加重，出现病毒性肺炎、成人呼吸窘迫综合征、呼吸衰竭、心衰及肾衰等多器官衰竭、败血症休克及Reye综合征等多种并发症而死亡。
对于人禽流感患者来说，影响其预后的危险因素包括年龄较大、住院过迟、出现各种并发症，肺炎、肝、肾功能损害，白细胞降低及淋巴细胞减少等。