咳嗽变异型哮喘的主要临床表现是顽固性咳嗽，凡是临床上有以慢性咳嗽为主要表现的疾病均需与咳嗽变异型哮喘相鉴别，认真区分它们之间细微的差别，必要时辅以实验室检查，否则很容易与其他许多疾病相混淆。
1.急、慢性支气管炎。急、慢性支气管炎临床上很常见，以咳嗽、咯痰为主要症状，鉴于其发病率高，医生容易把咳嗽变异型哮喘误诊为支气管炎。一般支气管炎鲜有过敏体质，晨起咳嗽、排痰较多，对抗生素、镇咳药物有效。如果遇上久治不愈的咳嗽，除了排除其他心、肺疾病外，应考虑到咳嗽变异型哮喘的诊断。除进行必要的实验室检查外，还可给予扩张支气管药物(如β2-受体激动剂)、类固醇皮质激素做诊断性治疗，观察其效果。
2.支气管肺癌。有时支气管肺癌可出现顽固性咳嗽，如X线胸片未见异常时，需与咳嗽变异型哮喘鉴别。临床上尤其是遇到年龄超过40岁以上的男性病人，且抽烟超过400年支(一天抽烟支数×抽烟年数，称为年支)的顽固性咳嗽，在诊断咳嗽变异型哮喘前应先排除支气管肺癌，可做胸部X线摄片或CT扫描、纤维支气管镜、痰找脱落细胞等检查。
3.支气管异物。支气管异物病人往往能提供明确的异物吸入史，但如果医生不重视病史，经常会把支气管异物误诊为其他疾病，如咳嗽变异型哮喘。笔者曾遇一例因反复咳嗽、胸闷不适在外院治疗近3个月之久的病人。虽然这位病人在每次就诊时都明确提供了异物呛入史，但由于反复X线胸片及胸部CT扫描未见“异常”，便没有引起医生足够的重视，先后诊断为支气管炎、肺气肿、咳嗽变异型哮喘等疾病，给予抗生素、镇咳、解痉平喘等对症治疗。后到我院门诊，了解病史后，安排病人做支气管镜检查，由左侧支气管内钳出半颗花生大小的碎骨片。本例虽然异物为骨头，但由于X线胸片盲区很多，CT扫描也由于容积效应，两者均未显影，这并不奇怪。由这个例子我们可知，医生能否充分重视病人的主诉，对明确诊断有重要意义。
4.慢性左心功能不全。慢性左心功能不全的病人有时可有较顽固的咳嗽，系肺泡和支气管粘膜淤血所致。尤其是隐性心力衰竭、舒张功能不全性心力衰竭，病人的其他症状较为隐匿，而咳嗽症状并不能被常用的镇咳药物所缓解时，需与咳嗽变异型哮喘相鉴别。前者常有高血压、冠心病病史，扩血管、利尿剂、强心药可缓解症状；而后者扩张支气管药物、皮质类固醇等药物有效。
5.高血压病人服用血管紧张素转换酶抑制剂类药物。高血压病人常服用一种血管紧张素转换酶抑制剂(英文简称ACE-I)类抗高血压药物，如卡托普利、依钠普利等，因其降压作用显著，被临床广泛应用。但该类药物可使体内的缓激肽降解受阻而作用于呼吸道，该类药物较突出的一个副作用是咳嗽，一旦发生往往是顽固性咳嗽，镇咳药物无法控制，惟一的有效方法是改用其他种类的降压药物。笔者曾遇一位病人，顽固性干咳3个月，每次剧烈咳嗽时由于腹腔压增高而伴有尿失禁，一天要更换十余条内裤，病人痛苦万分，四处求医，吃了各种抗生素、镇咳药物均无效果。后被诊断为咳嗽变异型哮喘，服用扩张支气管药物及皮质类固醇激素，但是仍然无效。经过详细询问病史后，了解到病人是位高血压病人，最近三四个月来一直服用开博通，便嘱病人停用开博通，3天后咳嗽症状即消失。
6.其他。凡是有顽固性咳嗽症状的疾病都容易与咳嗽变异型哮喘相混淆，临床上还需注意与诱发支气管痉挛的疾病相鉴别，如反流性食管炎，当反流物进入呼吸道时可引起咳嗽、胸闷、呼吸困难等症状。此外，食管裂孔疝、副鼻窦炎后鼻部分泌物溢流、支气管内膜结核等，也需要与咳嗽变异型哮喘相鉴别。