胆管癌的病因仍然不清楚，胆汁中的某些物质（如胆汁酸的代谢产物，胆汁中的其他致癌物质）长期对胆管粘膜的刺激、胆道的慢性炎症、感染等因素，可能与致癌有关。关于胆管结石与胆管癌的关系，有人认为胆管结石可引起胆道反复感染，由于长期结石的反复刺激，导致胆管周围的炎性渗出，胆管上皮异常增生，继而恶变成癌。
根据癌细胞的类型、分化程度及癌组织的生长方式、肝外胆管癌多为腺癌（乳头状腺癌、高分化腺癌、低分化腺癌）少见的是未分化癌、临界细胞癌和磷状上皮癌。该癌肿转移较慢，主要累及局部淋巴结，亦可侵犯腹膜或转移到肺。死亡原因主要是肝脏功能衰竭及胆道感染。