目前对于急性坏死性肠炎的确切病因尚无定论，归纳起来有以下四方面颇具代表性观点：

    1.细菌感染。因本病的发生具有一定的流行病学特点。有1/3的人发病前有不洁饮食史，少数病例在发病前一周内有上呼吸道感染病史，且病人粪便中培养出大肠杆菌（异常数量）及产气荚膜杆菌可以支持此种观点。

    2.消化酶的数量及活性的降低。长期低蛋白饮食造成肠道内胰蛋白酶反应性降低，此外，肠道内寄生虫可以分泌出一种胰蛋白酶的抑制物，限制和降低了胰蛋白酶的生物学活性，在上述二种情况下，过量的高蛋白、高脂肪食物摄入，会使肠道内的某种特殊杆菌大量繁殖，产生B毒素，而肠道内用于破坏合理毒素的胰蛋白酶难以与之对抗，从而引起毒素入血，引发本病。

    3.变态反应性过敏性炎症。因为本病的早期病理改变为肠壁的末端小动脉纤维性坏死和大量嗜酸细胞浸润，呈过敏性反应的病理改变，而迄今为止，尚未能找到肯定的某一致病原，故有人认为本病的发病基础为过敏反应，而感染是属于继发性的。