1.脑垂体前叶功能减退症。本病大多是由于脑垂体或脑垂体附近的器质性病变所引起，如肿瘤、脑垂体前叶缺血坏死、外伤、神经外科手术以及因其他疾病行放射治疗致垂体被照射、自身免疫性疾病、感染、白血病浸润等，均使脑垂体功能受损，分泌的激素减少，出现甲状腺功能减退，肾上腺功能低下，生长激素分泌不足的相关症状，如果性腺功能和泌乳功能减退，就会出现乳房及生殖器官萎缩，第二性征不发育、子宫缩小、闭经、生育能力丧失等。

 2.甲状腺功能减退症。本病以中老年妇女为多见，可有多系统的临床表现，包括怕冷、皮肤苍白、行动迟钝、纳差、乏力、心动过缓、粘液水肿，内分泌系统表现为性欲减退、生育能力差、女性月经量增多或闭经等，肾上腺皮质功能减退，垂体前叶功能减退症也可出现上述症状，因此容易误诊。

    3.肾上腺疾病。常见的有柯兴综合征，肾上腺皮质功能减退症等。前者表现为肾上腺皮质功能亢进引起的满月脸、水牛背、皮肤紫绀、多毛等。后者表现为怕冷、消瘦、皮肤粘膜黑色素沉着等，这两种病均可引起闭经。

    4.神经性厌食症。本病以青春发育期的女性多见。主要因精神心理变态及精神内分泌功能紊乱引起厌食、消瘦、闭经等症状，有的患者以闭经为首发症状，同时可伴有第二性征发育不良，因此容易误诊为原发性闭经。但神经性厌食症病人以精神心理障碍为主要特点，表现为过分节食，以至于躲避食物，虽然明显消瘦，但精力旺盛，或否认自己有病。这些特点不难与原发性闭经相区别。

5.全身疾病。营养不良是造成闭经的重要原因之一。长期营养不良、慢性消耗性疾病或在机体对营养物质的需要量相对增加而摄入不足的情况下，都可导致内分泌系统的功能障碍而引起闭经；精神因素也可造成闭经，如紧张、恐惧、忧伤、过分劳累、气候环境的改变、手术、休克等；此外，贫血、结核病、糖尿病、性染色体异常均可导致闭经。