虽然呼吸系统有一套完整的防御体系，但当机体抵抗力下降时.仍最易遭受外界有害物质的侵犯。在呼吸系统疾病诸多病因中.感染是最常见、最主要的。引起呼吸道感染的病原体有细菌、病毒、支原体、立克次体、真菌、寄生虫等，其中又以细菌和病毒感染最多见。

此外，各种过敏源导致的机体变态反应(也就是我们通常说的过敏)，与支气管和肺部疾患的发生有着密切关系。如机体对花粉、粉尘等物质过敏引发的l型变态反应，可表现为哮喘和过敏性鼻炎；抗体直接作用于相应的细胞或组织内的抗原成分，在补体参与下引起肺组织细胞损伤，从而导致肺出血一肾炎综合征等等。

为什么许多产业工人容易发生矽肺、煤矽肺和石棉肺，就是因为生产过程中吸人过多的粉尘引起的。过多或长期吸人一些有害气体如二氧化硫、二氧化氮等，均可引起支气管、肺的病变。此外，恶性肿瘤、胶原病等，也常累及呼吸系统。