本病诊断有赖于流行病学资料。临床表现特征以及辅助检查中的粪便常规，细菌培养、血液常规，乙状结肠镜检查等。

　　1.流行病学资料。本病有明显的季节性，夏秋季发病较多，一般农村高于城市，儿童发病率较高，通常1～2日前有不洁饮食史及病原接触史，以上这些有助参考。

　　2.临床表现。普通型菌痢。起病急、有发热、腹痛、腹泻、里急后重、脓血便等症状，结合相关辅检有利确诊。

　　轻型菌痢。是临床上最易误诊的一型。急性发作的腹泻，大便每日在3次以上或腹泻连续2日以上，无粘液脓血便，但具有下述前三项中之一项或后2项之一者，就应诊断为轻型菌痢。①病前1周内确有明显的密切接触史，②里急后重，③左下腹有明显压痛，④粪便镜检10个高倍视野，平均每视野白细胞10个以上，或连续2次镜检白细胞5个以上（不包括肛拭子或灌肠取粪便检查的结果），⑤粪便培养痢疾杆菌阳性。

　　中毒型菌痢。2～7岁肥胖儿童，或成人尤其是老弱及慢性病史者中，具有一般中毒型菌痢的临床特征，以及粪便检查发现较多白细胞及红细胞，并具下述情况之一者，如能排除类似疾病，即可诊断为中毒型菌痢。①中枢神经系统症状。如精神萎靡、嗜睡、躁动、谵妄、反复惊厥、昏迷等，②循环系统症状。如面色苍白、四肢发凉，皮肤花纹、紫绀、脉搏细弱、血压下降等，③呼吸系统症状。如呼吸浅快、不规则、呼吸缓慢、暂停等。

　　慢性菌痢。①急性发作型：病前6个月内有菌痢病史，此次发作有急性症状，且能排除再感染者，可确诊。②迁延型：病程持续或反复发作2个月以上，有不同程度的肠道症状，大便常有粘液，有时带脓血。病程长者可表现为消瘦、乏力、食欲减退、贫血等症状。③隐匿型：过去有菌痢病史，临床症状消失已2个月以上，但粪便培养痢疾杆菌阳性或肠粘膜有病变者可确诊。

　　3.实验室检查。

　　血液常规检查：急性菌痢的细胞总数增高，分类以中性粒细胞为主。慢性菌痢的白细胞大多正常，红细胞及血红蛋白降低。

　　粪便常规检查：取粪便的脓血部分，显微镜下检查，可见大量脓细胞，少量巨噬细胞及红细胞。轻症病人仅有少量红白细胞，及早检查可提高检出率。

　　粪便细菌培养：在药物治疗之前，取粪便中带血的粘液部分作细菌培养，鉴定菌群与菌型。多次培养可提高阳性率。

　　乙状结肠镜检查：急性期可见粘膜充血、水肿、点状或片状出血，溃汤等病变；慢性期粘膜除充血、水肿、溃疡外还可呈颗粒状，有息肉、瘢痕、肠壁增厚等。镜检一般应于恢复期进行。急性菌痢者，做此检查有一定的危险性，一般不作为常规检查，慢性菌痢病人，必要时可作此检查，有助于确诊。

　　免疫学检查：常见的有荧光菌球法，粪便凝集试验，增菌乳胶凝集法，免疫染色法等，有助于菌痢的早期诊断。临床阳性率约为90%。